据市港口局统计，2016年9月份南通港集装箱吞吐量共完成7.36万TEU，继8月创历史新高后连续两个月突破7万TEU。1-9月份累计完成58.64万TEU，同比增长5.4%。
从内外贸情况看，9月份南通港共完成外贸集装箱2.78万TEU，累计完成25.39万TEU，同比增长6.5%；内贸集装箱完成4.58万TEU，累计完成33.25TEU，同比增长4.6%。从进出港情况看，9月份进港完成2.41万TEU，累计完成21.03万TEU，同比增长8.7%；出港完成4.94万TEU，累计完成37.61万TEU，同比增长3.6%。从空重箱完成情况看，9月份空箱完成3.74万TEU，累计完成27.02万 TEU，同比增长1.9%；重箱完成3.62万TEU，累计完成31.61万TEU，同比增长8.5%。
在当前经济形势趋紧的客观形势下，南通港能够连续两个月集装箱吞吐量突破7万标箱，主要因素是启东盛狮货柜出厂空箱明显增加，前三季度累计完成12.88万TEU,占南通集装箱生产总量的22%，同比增长142.5%，成为2016年南通港集装箱生产新的主要增长点。