根据《市政府办公室关于印发《南通市港口管理局主要职责内设机构和人员编制规定》的通知》（ 通政办发〔2010〕220号），市港口管理局设6个内设机构，具体如下：
（一）办公室
协助局领导做好机关政务、事务的协调管理工作；负责局重要会议和活动的组织安排及局重要文件的起草、审核工作；负责机关文秘、档案、信访、信息、政务公开和后勤服务工作；负责人大代表建议、政协委员提案办理工作；负责机关的机构编制、组织人事、宣传教育、计划生育、老干部服务等工作；负责保密、外事、国家安全等管理工作；负责港际间的交流和重大涉外活动；负责系统内党的建设、思想政治工作、精神文明和机关作风建设。
主任：屠跃清 联系电话：59003911
（二）规费征稽处（财务处）
负责有关港口行政性收费的征收和代征管理工作；拟订政府对港口建设维护的投资资金使用计划；负责项目资金的预算及管理；负责局机关及所属单位的预算编制和资金落实并检查资金使用情况；负责财务核算管理和内部财务管理制度的制定及实施。
临时负责人：陈中豪 联系电话：59003918
（三）港务管理处（政策法规处）
负责港口经营许可工作；对港口企业经营活动进行监督，维护港口经营市场秩序；推动和促进港口物流发展；组织协调抢险救灾、国防建设急需等国家重点物资港口作业；按照有关法规的规定，对港口企业经营性收费项目和价格进行监督。
负责全市港口系统的政策研究和法制工作；指导开展行政许可、行政处罚等行政执法工作并进行监督；负责有关规范性文件的起草、制定和审核工作；组织开展系统内普法工作和法制培训工作；承办港口行政复议案件、行政诉讼案件；组织开展对港口从业人员的技术、业务培训等工作。
处长：莫雪梅 联系电话：59003926
（四）规划建设处
编制全市港口中长期发展规划和总体规划以及年度建设计划；负责全市港口岸线的审核和管理；负责全市港口建设项目及其配套设施的初步设计审批、施工图设计审批、开工备案，按权限组织竣工验收；负责全市港口建设项目招投标工作的监督，维护全市港口建设市场秩序；负责组织全市港口公益性基础设施项目的建设、维护和管理。
处长：张建强 联系电话：59003921
（五）安全监管处
负责全市港口安全生产以及港口环境保护工作的监督管理；负责危险货物港口作业资质核准及港口采掘和爆破审批工作，划定港区内危险货物作业场所、实施卫生除害处理的专用场所范围，对危险货物港口作业进行监督管理；参与港口安全事故的调查处理；负责全市港口设施保安的监督管理；负责全市港口突发公共事件应急管理工作。
处长：孙珍洪 联系电话：59003932
（六）科技信息处
负责编制全市港口指导性生产计划；负责全市港口统计工作，收集、发布港口经济信息和资料，对全市港口经济运行情况进行统计分析、评估和预测；组织拟订港口科技和信息化发展规划和政策；指导全市港口系统组织实施重大科技项目、新技术开发运用和科技交流；指导并组织港口技术标准、创新体系的建设和管理；指导并监督港口技术改造和节能减排工作；指导协调港口系统数字化、智能化、信息化建设和管理；指导全市港口与国内外港口间的经济合作与对外交流并参与重大涉外活动。
处长：陈 翔 联系电话：59003950
（七）港口监察处
负责对全市港口工程建设、生产经营、安全生产、港口统计、规费征缴及环境保护等方面贯彻执行国家法律法规的情况开展执法检查，依法查处违法行为，督促港口企业整改违规问题维护港口秩序；受理港口违法违规问题投诉举报，依法进行立案查处。
处长：黄家瑞 联系电话：59003953